CLARUS - Plattform für erklärbare KI
Jacqueline Beinecke (Ph.D. Studentin in der Forschungsgruppe Klinische Entscheidungsunterstützung am Institut für Medizinische Informatik) präsentiert die Plattform CLARUS bei der 15. Great Lakes Bioinformatics Conference (GLBIO), welche dieses Jahr in McGill University in Montreal, Quebec, Kanada stattgefunden hat. Yougjun Park (Ph.D. Student in der Forschungsgruppe Klinische Entscheidungsunterstützung am Institut für Medizinische Informatik) präsentiert sein Poster zum Thema „Heterogeneous Domain Adaptation for Species-Agnostic Transfer Learning“.
Die GLBIO wird vom Great Lakes Bioinformatics Consortium organisiert, um ein interdisziplinäres Forum für die Diskussion von Forschungsergebnissen und -methoden zu bieten. Ein wichtiges Ziel der Konferenz ist die Förderung langfristiger Kooperationsbeziehungen und Vernetzungsmöglichkeiten im Bereich der computergestützten Ansätze in der Biologie und Medizin. Die Konferenz ist die größte ihrer Art in Nordamerika.
Die CLARUS-Plattform fördert das menschliche Verständnis von GNN-Vorhersagen, indem sie es dem Fachmann ermöglicht, den GNN-Entscheidungsprozess zu validieren und zu verbessern. CLARUS ermöglicht die Visualisierung der biologischen Netzwerke, die zum Trainieren und Testen des GNN verwendet werden, wobei Knoten und Kanten zum Beispiel Genprodukten und ihren Interaktionen entsprechen. Darüber hinaus ermöglicht CLARUS nicht nur die Bewertung spezifischer kontrafaktischer Fragen, die auf benutzerdefinierten Änderungen der PPI-Netzwerke von Patienten und einer erneuten Vorhersage von Klassen basieren, sondern auch ein erneutes Training des gesamten GNN nach Änderung der zugrunde liegenden Graphenstrukturen. Die Plattform wird derzeit von der GWDG auf rshiny.gwdg.de/apps/clarus/ gehostet und die Vorabversion unserer Arbeit ist in bioarxiv doi.org/10.1101/2022.11.21.517358 verfügbar.
Weitere Informationen zur Konferenz finden Interessierte auf der Veranstaltungswebsite: https://www.iscb.org/glbio2023-programme/scientific-programme
Link zum ORCiD der Autor*innen:
Jacqueline Beineke https://orcid.org/0000-0002-7517-7041
Yougjun Park https://orcid.org/0000-0002-9963-7014